Fix my doctest and add test_auto file

Author: jguillon

nipype/interfaces/spm/preprocess.py

@@ -132,7 +132,7 @@ class FieldMap(SPMCommand):
     >>> fm.inputs.echo_times = (5.19, 7.65)
     >>> fm.inputs.blip_direction = 1
     >>> fm.inputs.total_readout_time = 15.6
-    >>> fm.inputs.epi_file = 'bold.nii'
+    >>> fm.inputs.epi_file = 'epi.nii'
     >>> fm.run() # doctest: +SKIP
 
     """

nipype/interfaces/spm/tests/test_auto_FieldMap.py

@@ -0,0 +1,133 @@
+# AUTO-GENERATED by tools/checkspecs.py - DO NOT EDIT
+from __future__ import unicode_literals
+from ..preprocess import FieldMap
+
+
+def test_FieldMap_inputs():
+    input_map = dict(
+        anat_file=dict(
+            copyfile=False,
+            field='subj.anat',
+        ),
+        blip_direction=dict(
+            field='subj.defaults.defaultsval.blipdir',
+            mandatory=True,
+        ),
+        echo_times=dict(
+            field='subj.defaults.defaultsval.et',
+            mandatory=True,
+        ),
+        epi_file=dict(
+            copyfile=False,
+            field='subj.session.epi',
+            mandatory=True,
+        ),
+        epifm=dict(
+            field='subj.defaults.defaultsval.epifm',
+            usedefault=True,
+        ),
+        ignore_exception=dict(
+            deprecated='1.0.0',
+            nohash=True,
+            usedefault=True,
+        ),
+        jacobian_modulation=dict(
+            field='subj.defaults.defaultsval.ajm',
+            usedefault=True,
+        ),
+        jobtype=dict(usedefault=True, ),
+        magnitude_file=dict(
+            copyfile=False,
+            field='subj.data.presubphasemag.magnitude',
+            mandatory=True,
+        ),
+        mask_fwhm=dict(
+            field='subj.defaults.defaultsval.mflags.fwhm',
+            usedefault=True,
+        ),
+        maskbrain=dict(
+            field='subj.defaults.defaultsval.maskbrain',
+            usedefault=True,
+        ),
+        matchanat=dict(
+            field='subj.matchanat',
+            usedefault=True,
+        ),
+        matchvdm=dict(
+            field='subj.matchvdm',
+            usedefault=True,
+        ),
+        matlab_cmd=dict(),
+        method=dict(
+            field='subj.defaults.defaultsval.uflags.method',
+            usedefault=True,
+        ),
+        mfile=dict(usedefault=True, ),
+        ndilate=dict(
+            field='subj.defaults.defaultsval.mflags.ndilate',
+            usedefault=True,
+        ),
+        nerode=dict(
+            field='subj.defaults.defaultsval.mflags.nerode',
+            usedefault=True,
+        ),
+        pad=dict(
+            field='subj.defaults.defaultsval.uflags.pad',
+            usedefault=True,
+        ),
+        paths=dict(),
+        phase_file=dict(
+            copyfile=False,
+            field='subj.data.presubphasemag.phase',
+            mandatory=True,
+        ),
+        reg=dict(
+            field='subj.defaults.defaultsval.mflags.reg',
+            usedefault=True,
+        ),
+        sessname=dict(
+            field='subj.sessname',
+            usedefault=True,
+        ),
+        template=dict(
+            copyfile=False,
+            field='subj.defaults.defaultsval.mflags.template',
+        ),
+        thresh=dict(
+            field='subj.defaults.defaultsval.mflags.thresh',
+            usedefault=True,
+        ),
+        total_readout_time=dict(
+            field='subj.defaults.defaultsval.tert',
+            mandatory=True,
+        ),
+        unwarp_fwhm=dict(
+            field='subj.defaults.defaultsval.uflags.fwhm',
+            usedefault=True,
+        ),
+        use_mcr=dict(),
+        use_v8struct=dict(
+            min_ver='8',
+            usedefault=True,
+        ),
+        writeunwarped=dict(
+            field='subj.writeunwarped',
+            usedefault=True,
+        ),
+        ws=dict(
+            field='subj.defaults.defaultsval.uflags.ws',
+            usedefault=True,
+        ),
+    )
+    inputs = FieldMap.input_spec()
+
+    for key, metadata in list(input_map.items()):
+        for metakey, value in list(metadata.items()):
+            assert getattr(inputs.traits()[key], metakey) == value
+def test_FieldMap_outputs():
+    output_map = dict(vdm=dict(), )
+    outputs = FieldMap.output_spec()
+
+    for key, metadata in list(output_map.items()):
+        for metakey, value in list(metadata.items()):
+            assert getattr(outputs.traits()[key], metakey) == value

nipype/interfaces/tests/test_auto_DataGrabber.py

@@ -6,6 +6,7 @@
 def test_DataGrabber_inputs():
     input_map = dict(
         base_directory=dict(),
+        drop_blank_outputs=dict(usedefault=True, ),
         ignore_exception=dict(
             deprecated='1.0.0',
             nohash=True,

nipype/interfaces/tests/test_auto_SSHDataGrabber.py

@@ -7,6 +7,7 @@ def test_SSHDataGrabber_inputs():
     input_map = dict(
         base_directory=dict(mandatory=True, ),
         download_files=dict(usedefault=True, ),
+        drop_blank_outputs=dict(usedefault=True, ),
         hostname=dict(mandatory=True, ),
         ignore_exception=dict(
             deprecated='1.0.0',